El Instituto de Humanidades San Francisco de Asís, fue fundado por el Sr. Arturo Cousiño Lyon, el 25 de agosto de 1944.

Nació administrativamente y desde el punto de vista financiero de la Compañía Carbonífera, teniendo como objetivo educar a los hijos de sus trabajadores.

Su primera directora, fue la Sra. Ester Riquelme, e inició sus clases con 210 alumnas, distribuidas en cursos de 1o a 5o año de preparatoria. Tempranamente, comenzó a llamarse en la comunidad lotina “Escuelita Arturo”.

Con fecha 27 de julio de 1950 y bajo el Decreto Cooperador N° 5413, fue reconocido como entidad educativa colaboradora del Estado.

El 1 de marzo de 1960, La Empresa Nacional del Carbón, decide traspasar la administración de la Escuela Arturo a las Hermanas Misioneras Catequistas de Boroa. La directora en ese entonces fue la Hna. María Antonia Pflugbell.

A partir del año 2000, la “Escuelita Arturo” o “Escuela Arturo N° 7”, pasó a ser una entidad dependiente del Arzobispado de la Santísima Concepción.

Arraigada la identidad del colegio con el carisma franciscano, se acordó cambiar el nombre de “Escuelita Arturo”, como era conocida, por INSTITUTO DE HUMANIDADES “SAN FRANCISCO DE ASÍS”, cuyo lema “Con la palabra y el ejemplo en cada acción” conlleva una formación integral intelectual, corpórea y espiritual (tridimensional) en su quehacer académico pastoral.

El año 2008, el colegio es incorporado a la Fundación Educacional Cristo Rey quien es su actual sostenedora y que alberga a 11 colegios en toda la Arquidiócesis de la Santísima Concepción.

El terremoto de 2010 quebró los ejes de la antigua casona, lo que dio origen a una profunda transformación, naciendo en el mismo lugar un imponente edificio de dos pisos que no busca otro objetivo sino el profesado en nuestro proyecto educativo pastoral: Educar, Evangelizar y Servir.

Este mismo hecho, da la oportunidad a partir del año 2015 de hacer crecer el colegio a la Enseñanza Media, con un curso por nivel desde 1º básico hasta 4o medio, (nivel que alcanzará el colegio a partir del año 2018).